അഞ്ചാംപാതിരയ്ക്കു ശേഷം വീണ്ടുമൊരു ക്രൈം ത്രില്ലറുമായി എത്തിയിരിക്കുകയാണ് കുഞ്ചാക്കോ ബോബന്‍. എഡിറ്റര്‍ അപ്പു എന്‍ ഭട്ടതിരി സംവിധാനം ചെയ്ത ചിത്രത്തില്‍ കുഞ്ചാക്കോ ബോബനും നയന്‍താരയും ഒന്നിക്കുന്നു.
ജോണ്‍ ബേബി എന്ന ഫസ്റ്റ് ക്ലാസ് ജുഡീഷ്യല്‍ മജിസ്‌ട്രേറ്റ് ആണ് കുഞ്ചാക്കോ ബോബന്റെ നായക കഥാപാത്രം. ഒരു വാഹനാപകടത്തില്‍ നിന്നും ചെറിയ പരിക്കുകളോടെ രക്ഷപെട്ടതിനു ശേഷമുള്ള ദിവസങ്ങളിലാണ് ജോണ്‍ ബേബിയെ സംവിധായകന്‍ പ്രേക്ഷകര്‍ക്കു മുന്നിലേക്ക് അവതരിപ്പിക്കുന്നത്. എന്നാല്‍ ആശ്വാസത്തിനു പകരം പോസ്റ്റ് ട്രോമാറ്റിക് സ്‌ട്രെസ് ഡിസോഡര്‍ (post traumatic stress disorder) എന്ന മാനസികനിലയിലാണ് അയാള്‍. അനുഭവിക്കുന്ന മാനസിക സമ്മര്‍ദ്ദത്തിന്റെ ഉപോല്‍പ്പന്നമായി ഇന്ദ്രിയങ്ങളെപ്പോലും വിശ്വസിക്കാനാവാത്ത, കണ്‍മുന്നില്‍ അയഥാര്‍ഥമായ ചില കാഴ്ചകള്‍ കാണുന്ന ദിനങ്ങള്‍.
ഈ ദിനങ്ങളിലൊന്നിലാണ് സുഹൃത്തായ ചൈല്‍ഡ് സൈക്കോളജിസ്റ്റ് ശാലിനി (ദിവ്യപ്രഭ) അയാളോട് ഒരു അനുഭവം പങ്കുവെക്കുന്നത്. സ്‌കൂള്‍ ക്ലാസില്‍ ഒരു കഥ പറയാന്‍ അധ്യാപിക ആവശ്യപ്പെട്ടപ്പോള്‍ ഞെട്ടിക്കുന്ന ഒരു കൊലപാതക കഥ പറഞ്ഞ രണ്ടാം ക്ലാസുകാരനെക്കുറിച്ചാണ് അത്. കുട്ടി എങ്ങനെ ഇത്തരമൊരു കഥ പറഞ്ഞുവെന്ന ശാലിനിയുടെ ചോദ്യത്തില്‍ അതേക്കുറിച്ച് അന്വേഷിക്കാനിറങ്ങുന്ന ജോണ്‍ ബേബിയെ കാത്തിരിക്കുന്നത് ഞെട്ടിക്കുന്ന ചില ആകസ്മികതകളാണ്. പരസ്പരം ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നവയെന്ന് ഒറ്റ നോട്ടത്തില്‍ വിശ്വസിക്കാനാവാത്ത സംഭവങ്ങളുടെ വസ്തുതകള്‍ തേടി ജോണ്‍ ബേബി നടത്തുന്ന അന്വേഷണങ്ങളാണ് ‘നിഴലി’ന്റെ പ്ലോട്ട്.
